1. Oficina de la Persona Titular.

1.0.0.1 Coordinación de Legalidad Ambiental.

1.0.1 Dirección de Administración.

1.2 Subsecretaría de Protección al Ambiente.

1.2.1 Dirección de Impacto Ambiental.

1.2.1.1 Departamento de Impacto Ambiental en Ensenada.

1.2.1.2 Departamento de Impacto Ambiental en Mexicali.

1.2.1.3 Departamento de Impacto Ambiental en Tijuana.

1.2.2 Dirección de Gestión Ambiental.

1.2.2.1 Departamento de Prevención de la Contaminación.

1.2.2.2 Departamento de Monitoreo de Contaminación Vehicular.

1.2.2.3 Departamento de Calidad de Aire.

1.2.3 Dirección de Política Ambiental y Cambio Climático.

1.2.3.1 Departamento de Política Ambiental.

1.2.3.2 Departamento de Cambio Climático.

1.2.3.3 Departamento de Planeación y Estadística.

1.2.4 Dirección de Recursos Naturales.

1.2.4.1 Departamento de Vida Silvestre.

1.2.4.2 Departamento de Áreas Naturales Protegidas.

1.2.5 Dirección de Derecho y Bienestar Ambiental.

1.2.5.1 Departamento de Bienestar Animal.

1.2.5.2 Departamento de Derecho Animal.

1.2.5.3 Departamento de Educación y Ciencia Animal.