1.0.    Dirección General

                                       1.0.0.1.      Unidad de Planeación y Desarrollo Institucional

                         1.0.1.      Delegación Playas de Rosarito

                         1.0.2.      Delegación San Quintín                

              1.1.   Dirección de Alto Nivel de Competencia

                                        1.1.0.1.      Departamento Técnico

1.1.0.2.      Departamento de Deporte Asociado

1.1.0.3.      Departamento de Formación y Capacitación Deportiva

1.2.   Dirección de Desarrollo de Talentos Deportivos

                                       1.2.0.1.      Departamento de Talentos Deportivos

                                        1.2.0.2.      Departamento Médico Estatal

                                        1.2.0.3.      Departamento de Deporte Escolarizado

1.3.   Dirección de Cultura Física y Deportiva

                                        1.3.0.1.      Departamento de Activación Física y Deporte para Todos

                                        1.3.0.2.      Departamento de Deporte Estudiantil

               1.4.   Dirección Administrativa

                                        1.4.0.1.      Departamento de Recursos Humanos

                                        1.4.0.2.      Departamento de Contabilidad

                                        1.4.0.3.      Departamento de Recursos Materiales

               1.5.     Dirección de Infraestructura y Mantenimiento Deportivo

1.5.0.1.      Departamento de Proyectos y Supervisión de Obra

1.5.0.2.      Ciudad Deportiva Mexicali

1.5.0.3.      Centro de Alto Rendimiento Tijuana

1.5.0.4.      Centro de Alto Rendimiento Ensenada

1.5.0.5.      Centro de Alto Rendimiento Halterofilia Guadalupe Victoria

1.5.0.6.      Centro de Alto Rendimiento Remo San Felipe

              1.6.     Dirección de Promoción e Imagen

1.6.0.1.      Departamento de Informática

1.6.0.2.      Departamento de Comercialización

1.6.0.3.      Departamento de Diseño

1.6.0.4.      Departamento de Relaciones Internacionales

            1.7      Dirección de Deporte Adaptado

                                        1.7.0.1.    Departamento de Iniciación al Deporte Adaptado

                                        1.7.0.2.     Departamento de Deporte Competitivo y Paralímpico

                                        1.0.0.2      Órgano Interno de Control